שמונה תחומי פעילות הפועלים יחד בלב העיר העתיקה בצפת, ומלוות את בני הקהילה מגיל הרך ולאורך כל שלבי החיים.
01גן הבנים של מוסדות נחלי התורה מעניק לילדי הקהילה סביבה חינוכית חמה ומטפחת, שיסודה באהבת התורה ובמידות טובות, מגיל הרך. הגננות והצוות מלווים כל ילד באופן אישי, ובונים יחד את הבסיס הרוחני והחברתי שילווה אותו לאורך כל שנות לימודיו. הגן פועל בלב העיר העתיקה בצפת, כחלק בלתי נפרד מרקמת החיים הקהילתית.
02גן הבנות מהווה בית חם ומכיל לבנות הקהילה הצעירות, ומשלב לימוד, יצירה ומשחק בסביבה השומרת על ערכי הצניעות והמסורת. הצוות החינוכי מלווה כל ילדה בגילה, ומטפח בה ביטחון עצמי, אהבת הזולת ויראת שמים. הגן פועל לצד גן הבנים, ומהווה חלק מרצף החינוך שמעניקה הקהילה לילדיה מגיל הרך.
03תלמוד התורה מלווה את בני הקהילה בגילאי בית הספר היסודי, ומקנה להם לימוד תורה לעומקו לצד חינוך לדרך ארץ ולערכי החסידות. המסגרת שמה דגש על יחס אישי לכל תלמיד, מתוך הבנה שכל ילד וילד הוא עולם ומלואו. בוגרי תלמוד התורה ממשיכים בדרך כלל למסגרות הישיבתיות של הקהילה.
04הישיבה לבחורים צעירים מלווה את בוגרי התלמוד תורה בשנות הנעורים, ומעניקה להם בית תורני חם שבו לומדים, גדלים ומתחזקים. הלימוד נעשה בסדרים מלאים, לצד בניית האישיות, הדרכה אישית ויראת שמים.
05כולל האברכים מאפשר לאברכים נשואים להמשיך ולהעמיק בלימוד התורה לאחר הנישואין, תוך קבלת תמיכה ומלגה חודשית שמסייעת להם ולמשפחותיהם. הכולל הוא לב ליבה הרוחני של הקהילה, וממנו יוצאת השפעה תורנית לכלל בני המקום. שמירה על רצף הלימוד באברכים הצעירים היא אחת מאבני היסוד של המשך פעילות המוסדות.
06בית החינוך לבנות מלווה את בנות הקהילה בגילאי בית הספר, ומעניק להן חינוך תורני מקיף לצד לימודי ליבה, בסביבה תומכת ומכבדת. הצוות החינוכי שם דגש על טיפוח האישיות והכישרונות הייחודיים של כל תלמידה. בית החינוך מהווה המשך טבעי לגן הבנות, וגשר לקראת ההמשך במדרשיה.
המדרשיה מלווה נערות ובוגרות צעירות בתהליך התבססות והעמקה בעולם התורה והיהדות, ובכלל זה גם נשים החוזרות בתשובה המחפשות מסגרת מכבדת ותומכת. הלימוד במדרשיה משלב עיון, ערכים ומעשה, ומכשיר את הבוגרות להמשך חייהן כנשות חיל בקהילותיהן. המדרשיה היא חלק מהמענה הרחב שמעניקה הקהילה לחוזרים ולחוזרות בתשובה.
08בית התבשיל דואג לארוחות חמות ומזון בסיסי למשפחות הקהילה הנזקקות לכך, ומהווה רשת ביטחון יומיומית עבור בתים רבים. הפעילות מתבצעת מתוך כבוד לנתרם ובשקט, כערך יסוד בדרכה של הקהילה. בית התבשיל פועל באופן שוטף לאורך כל ימות השנה, ובמיוחד סביב החגים.
09המכון מוציא לאור את ספריו של הגאון רבי נתן מרדכי ישראל שליט"א, ראש מוסדות נחלי התורה, בעברית, באנגלית ובשפות נוספות, כדי שתורת ברסלב תגיע לכל יהודי בשפתו.